达普生物与真迈生物联合发布单细胞转录组评测数据

2022-06-10 10:09

最近,达普生物和真迈生物强强合作,以真实临床肿瘤样本为例,联合发布达普星海单细胞建库平台构建的单细胞转录组文库在 GenoLab M、NovaSeq 6000 测序平台上的评测数据。


本次测试涉及两个不同的临床肿瘤样本,构建单细胞测序文库后分别在两平台测序 ,以较为全面地评价两个平台对不同类型样本的检测能力。


将达普生物星海单细胞建库平台制备的文库在 GenoLab M 和 NovaSeq 6000 分别测序。对比分析数据,结果显示 GenoLab M 表现优异,与 NovaSeq 6000 检测到的单细胞 UMI 水平、细胞聚类与同基因表达量结果高度一致。



实验方案

1. 测试用样本:两种不同肿瘤组织制备而成的单细胞悬浊液。

2. 单细胞测序建库系统:
●   单细胞文库制备平台
星海单细胞建库系统
(Galaxy Single Cell Analysis System;货号:SCI100)
●   单细胞文库制备试剂:

星海单细胞 3' 转录组测序建库试剂盒 v1.0

(Galaxy Single Cell 3' mRNA Kit v1.0;货号:RCPK)


3. 测试平台:GenoLab M、NovaSeq 6000

4. 测试实验:使用达普生物星海单细胞建库系统与 3' 转录组测序建库试剂盒对两种不同肿瘤组织解离后得到单细胞悬浊液进行单细胞转录组测序文库制备(下文简称 S1、S2)。构建好的文库分别在 GenoLab M、NovaSeq 6000 测序平台上进行测序。



表1测试方案

文库

样本数

测序策略

测序平台

S1

1

100M Reads,PE150

GenoLab M

NovaSeq 6000

S2

1

100M Reads,PE150

GenoLab M

NovaSeq 6000



测试结果


两个样本在 GenoLab M 与 NovaSeq 6000 平台检测的单细胞 UMI 水平结果都高度一致


图片

图1. 单细胞 UMI 分析结果对比

(左:S1;右:S2)


● Single-cell clustering 对比


S1:

图片

   图2. 细胞聚类分析比较

S2:

图片

图3. 细胞聚类分析比较


● Barcode assignment 对比


S1:

图片

图4.   同一 cell barcode 的 UMI 及基因对比分析


S2:

图片

图5. 同一 cell barcode 的 UMI 及基因对比分析



测试结果总结


综合上述测试结果(图1-图5)显示达普生物星海单细胞 3' 转录组测序建库试剂盒可高度匹配多种样品,两个不同肿瘤样品文库在 GenoLab M 和 NovaSeq 6000 上进行测序,对比分析结果显示,GenoLab M   表现优异,与 NovaSeq 6000 结果对比,两个平台测序单细胞表达水平一致性高,能够极佳地满足科研以及临床对单细胞测序的需


星海单细胞建库系统与 GenoLab M 系统均为全流程自主研发的国产化平台,利用双方平台灵活上样、高性价比等优势,能大大缩短单细胞测序周期,打通衔接环节,全面提高效率并降低测序成本,为临床应用提供从单细胞到数据结果的全流程解决方案;同时助力单细胞多组学进一步地满足科研普及化需求,转化单细胞多组学研究在临床中的应用。双方将通力合作,解决单细胞测序在临床与医学转化中的“卡脖子”技术,为临床工作者及科研用户提供高质量,高性价比的单细胞测序全流程解决方案。



产品介绍


图片

● 性能优:可一次性完成数百至数万个细胞的分离,基因检测灵敏度高。
上样活:1-4 通道,可灵活选择样本数及细胞数量,方便快捷。
兼容好:文库兼容 GenoLab M 和 NovaSeq 6000 等测序平台。
分析全:自主开发的 StarScope 生信分析软件,可完成从原始数据到分析报告的生信分析。
流程活:可接驳下游流程 ,如单液滴分选。