最近,达普生物和真迈生物强强合作,以真实临床肿瘤样本为例,联合发布达普星海单细胞建库平台构建的单细胞转录组文库在 GenoLab M、NovaSeq 6000 测序平台上的评测数据。
本次测试涉及两个不同的临床肿瘤样本,构建单细胞测序文库后分别在两平台测序 ,以较为全面地评价两个平台对不同类型样本的检测能力。
将达普生物星海单细胞建库平台制备的文库在 GenoLab M 和 NovaSeq 6000 分别测序。对比分析数据,结果显示 GenoLab M 表现优异,与 NovaSeq 6000 检测到的单细胞 UMI 水平、细胞聚类与同基因表达量结果高度一致。
星海单细胞 3' 转录组测序建库试剂盒 v1.0
(Galaxy Single Cell 3' mRNA Kit v1.0;货号:RCPK)
表1测试方案
文库 | 样本数 | 测序策略 | 测序平台 |
S1 | 1 | 100M Reads,PE150 | GenoLab M |
NovaSeq 6000 | |||
S2 | 1 | 100M Reads,PE150 | GenoLab M |
NovaSeq 6000 |
两个样本在 GenoLab M 与 NovaSeq 6000 平台检测的单细胞 UMI 水平结果都高度一致。
图1. 单细胞 UMI 分析结果对比
(左:S1;右:S2)
● Single-cell clustering 对比
S1:
图2. 细胞聚类分析比较
S2:
图3. 细胞聚类分析比较
● Barcode assignment 对比
S1:
图4. 同一 cell barcode 的 UMI 及基因对比分析
S2:
图5. 同一 cell barcode 的 UMI 及基因对比分析
综合上述测试结果(图1-图5)显示达普生物星海单细胞 3' 转录组测序建库试剂盒可高度匹配多种样品,两个不同肿瘤样品文库在 GenoLab M 和 NovaSeq 6000 上进行测序,对比分析结果显示,GenoLab M 表现优异,与 NovaSeq 6000 结果对比,两个平台测序单细胞表达水平一致性高,能够极佳地满足科研以及临床对单细胞测序的需求。
星海单细胞建库系统与 GenoLab M 系统均为全流程自主研发的国产化平台,利用双方平台灵活上样、高性价比等优势,能大大缩短单细胞测序周期,打通衔接环节,全面提高效率并降低测序成本,为临床应用提供从单细胞到数据结果的全流程解决方案;同时助力单细胞多组学进一步地满足科研普及化需求,转化单细胞多组学研究在临床中的应用。双方将通力合作,解决单细胞测序在临床与医学转化中的“卡脖子”技术,为临床工作者及科研用户提供高质量,高性价比的单细胞测序全流程解决方案。
● 性能优:可一次性完成数百至数万个细胞的分离,基因检测灵敏度高。
● 上样活:1-4 通道,可灵活选择样本数及细胞数量,方便快捷。
● 兼容好:文库兼容 GenoLab M 和 NovaSeq 6000 等测序平台。
● 分析全:自主开发的 StarScope 生信分析软件,可完成从原始数据到分析报告的生信分析。
● 流程活:可接驳下游流程 ,如单液滴分选。